本市では、危険物の危険物の貯蔵又は処理に供する工作物の建築を制限している事例があります。
中城村南上原地区地区計画区域内における建築物の制限に関する条例第7条及び第8条に規定があるように、敷地が地区整備計画区域の内外にわたる場合又は2以上の計画地区にわたる場合においては、過半又は最大部分が存在する区域の用途制限を敷地の全体に適用するため、隣接する区域と一体的な利用の可能性がある場合は、「ただし、条例第7条及び第8条に係る規定は適用しない。」のようなただし書きを入れるなど、他方の用途制限の影響を受けないような措置が必要かと考えます。
危険物の貯蔵又は処理に供する工作物を一律で規制することで、作業用機械や非常用発電機の燃料など、最低限必要な危険物の貯蔵もできなくなります(ただし、地下は制限を受けません)。場合によっては、既存住宅から離れた位置の一部に危険物を貯蔵できる区域を設けることなどを検討されてもいいかなと思います。