(1)本市において同様の事例はありませんが、まちづくりの変化に対応するために、新規策定時だけではなく変更時においても適用していくことは問題ないかと考えます。
なお、「特別の事情」により地区整備計画を地区計画の区域の一部に定める場合、「特別の事情」が解消した場合には速やかに地区整備計画を定めなければならないとされており、「特別の事情」とは「時間を要するが将来的に解消の見込みがある」ものと考えられます。ご質問の事例において、地権者の方の意向を汲み地区整備計画の区域から除外し、将来的に解消の見込みがないのであれば、地区整備計画ではなく地区計画そのものの区域から除外することも一つの方法かと思います。
(2)本市において事例はありません。